El apartadero cuenta con dos vías para la recepción y expedición de trenes, y otras dos para la carga y descarga, aunque con una longitud limitada a 450 metros.
Entre los meses de julio y octubre de 2019 se ha tenido que utilizar un itinerario alternativo, al quedar la conexión interrumpida por unas obras de mejora que ha ejecutado Adif.
El servicio, que realiza un recorrido de ida y vuelta entre Bilbao, Pancorbo y la terminal alavesa de Jundiz, permitirá al puerto captar nuevos tráficos.
Transitia, con sede en Bilbao, fue la única empresa que concurrió al proceso abierto por la Autoridad Portuaria de Bilbao y asumirá la gestión y explotación de la terminal por un periodo de 15 años, ampliables en otros cinco más.
En noviembre de 2013 Transitia comenzó a operar en el transporte de mercancías por ferrocarril, subcontratando el material necesario, entre Bilbao y Júndiz, Noain, Zaragoza y Selgua.
Amplía así su actividad ligada al transporte de mercancías, en el que realiza los tráficos semanales entre el puerto de Bilbao y las plataformas logísticas de Júndiz, Noáin y Zaragoza, después de que en abril de 2013 consiguiese la licencia número 17 para tráfico de mercancías.
En estos momentos la compañía está inmersa en la consecución del certificado de seguridad, imprescindible para poder circular composiciones ferroviarias por la red de interés general de Adif.