El informe no abarca de forma detallada la actividad en el puerto de Bilbao y en el Cartagena pero se señalan varias actuaciones incorrectas, que por otro lado también han cometido la mayoría de puertos de interés general del Estado.
Son reseñables ciertas prácticas que desvirtúan el régimen de personal al que están sujetas y a actuaciones contrarias a los intereses de las Autoridades Portuarias.
También destacan indemnizaciones de despido muy superiores a las establecidas en el Estatuto de los Trabajadores.
El Estado también indica que no existen controles sobre la actuación contractual de los puertos. "Aplican procedimientos de contratación sin publicidad, negociados o menores sin cumplir los requisitos para su utilización; un recurso excesivo a la figura del modificado de contratos y la utilización de criterios de selección como criterios de adjudicación".
Por otra parte, la Intervención del Estado también detecta “deficiencias e irregularidades en la liquidación de tasas, tarifas y otros ingresos, y defectos en la gestión de impagos”.