La elaboración del Informe de Sostenibilidad Ambiental, que estará concluido el 31 de octubre, centra los esfuerzos de los responsables del puerto en estos momentos. El primer borrador, en opinión de Hernando tenía debilidades lo que propició "un aluvión de alegaciones contrarias, muchas de ellas sin argumentos". Con este nuevo informe medioambiental, el Ministerio de Medio Ambiente tendrá que emitir un informe definitivo antes de fin de año.
La respuesta del Ministerio de Medio Ambiente al primer borrador que hablaba de afecciones irreversibles, no implica que el proyecto no vaya a pasar el trámite medioambiental, aunque es claro que éste es el trámite más importante de todos cuantos componen la tramitación del proyecto, ya que sin el visto bueno por parte de Medio Ambiente, el proyecto sería irrealizable y conduciría al puerto "a una muerte lenta". El camino no es sencillo ya que el puerto va a someter su plan director a una nueva normativa medioambiental más severa, extremando así las garantías en este aspecto. El objetivo es que "nadie pueda decir que la Autoridad Portuaria no haya presentado un informe de sostenibilidad impecable"
Pero este no es el único obstáculo a superar. La más que probable llegada de Bildu, que se opone a esta infraestructura, a la Diputación Foral de Guipúzcoa puede complicarlo todo aún más. No obstante sigue vigente el protocolo de colaboración firmado entre el Ministerio de Fomento, la Autoridad Portuaria, el Gobierno Vasco y la propia Diputación para regenerar la bahía, concluir el puerto exterior así como la terminal intermodal de Lezo. Por eso el no contar con el apoyo de la Diputación podría dificultar mucho el desarrollo del proyecto y debilitar la fuerza del protocolo institucional.
Revisar el coste del proyecto
Hernando ha señalado que se revisará el coste del proyecto, cuantificado actualmente en 765 millones de euros que incluye los 120 para aplicar medidas correctoras medioambientales. En este presupuesto no se ha incluído ni la inversión para los accesos subterráneos, tanto por carretera como por ferrocarril, ni la construcción de la plataforma logística de Lezo.
El presidente del puerto guipuzcoano se mostró dispuesto a reunirse con los responsables de la plataforma que han presentado un manifiesto para regenerar la bahía sin construir la dársena exterior, aunque al igual que sus antedecesores en el cargo, Buen y González de Chávarri, Hernado defiende la postura de que sin dársena exterior es imposible acometer la citada regeneración de la bahía.