Argumentan su decisión, en el dictamen del Consejo de Participación de Doñana, que ha rechazado el proyecto de protección de las márgenes. Igualmente, el Comité de Patrimonio Mundial de la Unesco, en un informe previo al debate sobre el estado de Doñana en la sesión de junio de este año, se alerta sobre el impacto potencial de esta actuación sobre el parque natural.
Según recuerdan los ecologistas, el proyecto del puerto de Sevilla ha recibido un rechazo "frontal" de científicos, organizaciones agrarias, municipios, asociaciones ecologistas u organismos internacionales, comenzando por el voto en contra del antiguo Patronato del Parque Nacional de Doñana en noviembre de 2001.
Posteriormente, ha sido la comunidad científica la que se ha manifestado en contra del dragado de profundización, ya que en 2010 el dictamen de la comisión científica para el estudio de las afecciones de las obras del dragado calificaba de "no recomendable en la situación actual" la obra, "por repercutir negativamente en la dinámica, morfología y biodiversidad del estuario y, por lo tanto, de Doñana, por no mejorar la situación frente a procesos extremos de turbidez y salinidad y limitar severamente la capacidad de minimizar su duración y sus efectos".
Incide WWF en que las conclusiones de los científicos fueron asumidas por el Gobierno cuando en octubre de 2011 el Ministerio de Medio Ambiente estableció que el dictamen de la comisión se consideraba condición vinculante de la Declaración de Impacto Ambiental.
Asimismo, ha hecho hincapié en que la intervención no solo ha contado con oposiciones en el ámbito nacional, sino también a nivel internacional, puesto que la Unesco, en resoluciones de 2011 y 2013, ha mostrado su "clara oposición" al mismo, mientras que en septiembre de 2013 la Comisión Europea abrió un procedimiento de infracción contra España por el proyecto a raíz de la queja interpuesta por WWF España en mayo de 2012.