En los últimos años, la Autoridad Portuaria de Cartagena ha implantado un sistema de gestión ambiental que permite la aplicación de criterios de sostenibilidad en todas sus actividades.
En materia de sostenibilidad, uno de los resultados de la aplicación de la política medioambiental establecida hace ya varios años por la administración portuaria en el puerto de Cartagena es la calidad de sus aguas, que durante los últimos años ha mejorado sustancialmente. Actualmente las aguas portuarias son de buena calidad, debido sobre todo a la eliminación de todos los vertidos incontrolados y urbanos a las dársenas del puerto.
La biodiversidad es también prioritaria para la Autoridad Portuaria de Cartagena, que desde el año 2007 viene desarrollando campañas anuales de control de la población de las especies que habitan la zona. Las campañas de control de población se realizan en la Isla de Escombreras y en el entorno del faro del Puerto de Mazarrón, aunque está previsto aumentar estas actuaciones en el entorno de la Isla de Las Palomas, con el fin de identificar e inventariar las poblaciones nidificantes.
Por otro lado, el puerto de Cartagena trabaja en colaboración con la UPCT para la protección y desarrollo de la especie endémica 'manzanilla de Escombreras'. Para ello, destinará al proyecto una aportación de 20.000 euros que serán, principalmente, para el desarrollo de estrategias de conservación para mejorar la conectividad ecológica de las dos únicas poblaciones existentes a nivel europeo.
Por último, la Autoridad Portuaria de Cartagena ostenta el registro EMAS, una herramienta voluntaria diseñada por la Comisión Europea para la inscripción y reconocimiento público de aquellas empresas y organizaciones que tienen implantado un sistema de gestión ambiental que les permite evaluar, gestionar y mejorar sus impactos ambientales.
Además, el Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente ha seleccionado a la Autoridad Portuaria de Cartagena como una de las tres candidaturas españolas para los premios EMAS 2015 de la Unión Europea.